PIXANIM est une plateforme expérimentale et analytique qui permet l’exploration de l’anatomie, des structures et des fonctions des systèmes biologiques constituant l’animal. Implantée au sein de l’UMR Physiologie de la Reproduction et des Comportements (PRC) sur le Centre INRAE Val de Loire à Nouzilly près de Tours, PIXANIM est sous la triple tutelle d’INRAE, de l’Université de Tours et du CHU de Tours.

Liens utiles

• Site de la plateforme : https://pixanim.val-de-loire.hub.inrae.fr/
• Partie prenante dans l’Infrastructure de Recherche LiPh4SAS, (Livestock Phenotyping for Sustainable Agro ecoSystems) dédiée au phénotypage des animaux d’élevage (bovins, petits ruminants, porcins, poissons) : https://infrastructures-recherche.inrae.fr/liste-des-infrastructures/irs/liph4sas
• Plateforme analytique reconnue comme Infrastructures Scientifiques Collectives (ISC)par la Commission Nationale des Outils Collectifs (CNOC, INRAE) : https://infrastructures-recherche.inrae.fr/liste-des-infrastructures/iscs/pixanim
• Réseau IBiSA : ibisa.net/plateformes/pixanim-249.html
• Site de la Fédération de Recherche en Infectiologie (FéRI) de la Région Centre Val de Loire : infectiologie-regioncentre.fr/equipes-de-recherche-plateformes-experimentales-technologiques-centres-de-ressources-biologiques/pf-de-phenotypage-imagerie-in-et-ex-vivo-de-l-animal-a-la-molecule-pixanim
• Université de Tours : https://www.univ-tours.fr/recherche/animer-la-recherche/nos-plateformes-plateaux-techniques/nos-plateaux-techniques
• Site du CIRM (Centre de ressources Microbiennes de l’Infrastructure RaRe) – Bactéries pathogènes : https://www.infectiologie-regioncentre.fr/offre-de-competences-et-services/collections

Pour nous citer:

Les utilisateurs doivent mentionner PIXANIM dans les publications, dans la partie Matériels & méthodes et/ou dans la partie remerciements, en la nommant distinctement et en faisant figurer son DOI :

• En anglais : PIXANIM, INRAE, 2022. Imaging facility for phenotyping, from animal to molecule, https://doi.org/10.17180/CQ4D-DW26
• En français : PIXANIM, INRAE, 2022. Plateforme de phénotypage par imagerie, de l’animal à la molécule, https://doi.org/10.17180/CQ4D-DW26

Dans le cas d’une forte implication de la plate-forme, notamment dans le cadre de développements spécifiques, et si les résultats produits sont essentiels à l’article ou à la communication, le client s’engage à faire co-signer les personnels de la plate-forme ayant mené les expériences. Chaque personnel sera associé avec 2 affiliations :

1) INRAE, CNRS, Université de Tours, PRC, 37380, Nouzilly, France

2) INRAE, Université de Tours, CHU de Tours, Plateforme de Phénotypage Par Imagerie in/eX Vivo de L’ANImal à La Molécule (PIXANIM), 37380, Nouzilly, France

Prestations

La plateforme propose un continuum de moyens et de compétences analytiques, couvrant l’acquisition des données jusqu’à leur analyse approfondie, afin de répondre aux besoins de la recherche agronomique, biomédicale et translationnelle.

PIXANIM est une plateforme qui combine trois activités complémentaires pour une recherche intégrée :

1. Hébergement des animaux et physiologie interventionnelle

• Infrastructures uniques en France : locaux spécialisés pour l’hébergement de longue durée d’une large gamme de modèles animaux de grande taille (petits ruminants, porcs, volailles).
• Physiologie interventionnelle : environnement dédié aux études vétérinaires et médicales, permettant des protocoles expérimentaux contrôlés.

2. Imagerie in/ex vivo

• Technologies multi-échelles, IRM, CT-Scan, Imagerie moléculaire par spectrométrie de masse : de l’animal entier à la molécule, avec des approches combinables pour une analyse complète.
• Traitement et analyse d’images :
  • Approches qualitatives et quantitatives (segmentation, analyses différentielles)
  • Outils adaptés pour extraire des données précises et exploitables.

3. Analyses moléculaires

• Protéomique et lipidomique, techniques bio-séparatives, spectrométrie de masse : technologies de pointe pour l’identification et la quantification des biomolécules.
• Caractérisation fine des mécanismes moléculaires sous-jacents aux phénotypes observés.

La plateforme PIXANIM est certifiée selon la norme ISO 9001:2015 en management de la qualité. Cette certification reflète son engagement à améliorer en continu ses activités et à répondre aux exigences de ses clients avec rigueur et efficacité.

Compétences

PIXANIM propose une approche multi-modale et multi-échelle du phénotypage,

• In/ex vivo : adapté aux modèles animaux de grande taille.
• Multi-modal :
  • Anatomiques, structurelles et fonctionnelles pour une compréhension globale des systèmes biologiques.
  • Etudes des mécanismes moléculaires afin d’expliquer les phénotypes et d’identifier des cibles thérapeutiques.
• Multi-échelle : du marqueur individuel aux populations, pour favoriser la découverte de nouvelles thérapies et prédictions, de nouveaux diagnostics.

Equipement

Les équipements disponibles sur la plateforme sont :

• Des locaux pour
  • l’hébergement et le suivi des animaux, adaptés aux différentes espèces animales
  • la physiologie interventionnelle permettant la réalisation de formations (salles de pré ou post interventions, équipées d’appareils d’anesthésie, d’assistance respiratoire)
• Imagerie par Résonnance Magnétique : IRM 3 Teslas Magnetom Skyra^® (Siemens)
• Tomographie par CT-Scan Somaton Definition AS 128 (Siemens)
• Endomicroscope confocal laser Cellvizio Dual Band^® (Mauna Kea Technologies)
• Echographe-doppler ultrasons Ultrasonix (SonixTouch^®)
• Imagerie Block Face avec un Kratoscope monté sur microtome ou cryostat (Keer Labs®)
• Imagerie moléculaire lipidomique par spectrométrie de masse MALDI-TOF RapifleX Tissuetyper (Bruker Daltonics) équipé d’un robot sprayer M5 (HTX Technologies)
• Spectromètre de masse Tribrid Orbitrap Ascend CID/HCD/ETD équipé de la mobilité ionique FAIMS Pro (ThermoFisher) pour protéomique qualitative/quantitative bottom-up & Top-Down, lipidomique
• Système chromatographique NanoLC à basse et haute pression Evosep One (Proteigene)
• Système de chromatographie NanoLC Vanquish Neo UPLC (Thermofisher)
• Bioséparations/purification par chromatographie liquide capillaire UPLC Ultimate 3000 (Thermofisher)
• Bioséparations par électrophorèse 1D et 2D
• Robot de préparation de coupes de tissus M5 sprayer (HTX Technologies)
• Homogénéisateur – extracteur de protéines BeatBox (PreOmics)
• Systèmes d’isoelectrofocalisation : IPGphor et Multiphor II (Amersham Biosciences) et Protean IEF cell (Biorad)
• Analyseurs d’images de gels 1D/2D : Doceda Stainers (Biorad) et ImageScanner (GE Healthcare)
• Des outils bioinformatqiues associés : ProteinDiscoverer V3.2 (ThermoFisher); Mascot Server local V2.7 (Matrix Science), ProSightPD V4.2 (ThermoFisher), BioPharma Finder 5.2 (Thermofisher), LipidSearch 5.1 (Thermofisher), FlexAnalysis (Bruker), FlexImaging 5.0 (Bruker), SCiLS Lab 2D/3D 2025 (Bruker), ClinProTools 3.0 (Bruker), MALDI Biotyper 4.1 (Bruker), Progenesis SameSpots, Total Lab Quant)

L’ensemble des fiches équipements disponibles est affichable ICI

Personnels

PIXANIM s’appuie sur une équipe de 11 agents statutaires, experts en expérimentation animale, péri-chirurgie, imagerie in vivo et ex vivo, ainsi qu’en analyses moléculaires (protéomique et lipidomique). Leur savoir-faire s’étend également au traitement et à l’interprétation des données, garantissant une approche intégrée pour chaque projet.

Travaux & Collaborations

PIXANIM est une plateforme ouverte à la communauté scientifique, académique ou privée. Elle accompagne chaque année plus de 80 projets de recherche et développement. Ces projets, d’envergure régionale, nationale, européenne et internationale, couvrent l’ensemble des sciences animales.

Publications

La plateforme valorise ses résultats à travers de nombreuses publications dans des revues internationales à comité de lecture. Depuis 2018, plus d’une centaine d’articles ont été publiés dans 70 revues reconnues et couvrent un large éventail de domaines (neurosciences et comportement, biologie moléculaire et génétique, médecine clinique, biologie et biochimie, sciences des plantes et des animaux, chimie, sciences vétérinaires).