La plate-forme IMI (Imagerie et Infectiologie) est spécialisée dans l’exploration multidisciplinaire (histologie, analyse d’images, microscopie et cytométrie) et multi-échelle (de l’animal jusqu’à la protéine unique) du processus infectieux. La plateforme met ainsi à disposition des utilisateurs académiques et privés, régionaux et nationaux, un ensemble unique en région d’équipements scientifiques en environnement confiné de niveau 2, ainsi que l’expertise unique de son personnel.

Liens utiles

UMR1282 : https://infectiologie-santepublique.val-de-loire.hub.inrae.fr/

Plateforme IMI : https://infectiologie-santepublique.val-de-loire.hub.inrae.fr/plateau-technique-plateformes/imagerie-et-infectiologie2

Pour nous citer:

« IMI (Imaging and Infectiology) imaging core facility from the UMR1282 ISP (Infectiology and Public Health) »

Prestations

La plateforme Imagerie et Infectiologie (IMI) est experte dans l’exploration multidisciplinaire (histologie, microscopie et cytométrie) et multi-échelle (de l’animal entier jusqu’à la protéine unique) du processus infectieux. Cette plateforme propose un panel unique d’expertises et est ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique académique ou privée- de la région Centre Val de Loire

La plateforme IMI possède une expertise scientifique pluridisciplinaire et est spécialisée dans le monitoring de pathogènes dans leur environnement, la caractérisation de la physiopathologie infectieuse et l’étude des interactions hôte-pathogène. Elle bénéficie du regroupement d’un ensemble d’approches méthodologiques complémentaires permettant une exploration multi-échelle allant de l’animal entier jusqu’à la cellule unique, pour l’étude du vivant en environnement confiné de niveau 2 (BSL2).

Localisée sur le site de Nouzilly, IMI est ouverte aux demandes extérieures sur un large panel de questions biologiques. La plateforme IMI offre ainsi un ensemble de prestation à la carte, visant à accompagner les chercheurs au cours des différentes étapes de leur projet : conception, réalisation, analyse de données et valorisation.

Compétences

La plateforme met à disposition de ses utilisateurs un large panel d’équipements scientifiques et de compétences multidisciplinaire. Toutes ces approches sont disponibles en environnement confiné de niveau 2, permettant l’étude d’agents pathogènes de classe II vivants.

Voici la liste des compétences disponibles sur la plateforme :

• Cytométrie
  • Purification par tri d’une à six sous-populations cellulaires simultanément
  • Récupération de cellules après tri en tubes de différents formats, sur lames ou plaques de microtitration
  • Choix du nombre de cellules triées : d’une seule cellule jusqu’à plusieurs millions de cellules
  • Cellules triées viables et réutilisables dans de nombreuses méthodologies telles que la microscopie, la biologie cellulaire, la biologie moléculaire ou des approches OMICs
  • Analyse non supervisée (t-SNE)
  • R&D actuelle :
    • Analyse et tri d’échantillons « non conventionnels » : sédiments de rivière, œufs de parasite, lait, …
    • Approches de criblage à haut débit couplé à la microscopie

• Microscopie
  • Imagerie en live des interactions hôtes pathogènes avec contrôle de l’environnement des échantillons (température, humidité, normoxie/hypoxie)
  • Suivi en 3D du développement d’organoïdes/sphéroïdes en live
  • Phénotypage tissulaire post-immunomarquage
  • Caractérisation structurale à l’échelle cellulaire et/ou tissulaire
  • Modalités de photomanipulation en live (FRAP, FLIP, etc)
  • Exploration 3D sub-cellulaire des interactions des organites cellulaires
  • R&D actuelle :
    • Transparisation d’organes et d’organoïdes/sphéroïdes
    • Imagerie à haute résolution temporelle multicouleur grâce au scanner résonnant installé sur le microscope confocal (Nikon AX)
    • Microscopie d’expansion pour l’étude en 3D des interactions hôte/pathogène à l’échelle nanométrique
    • Développement d’approches de criblage 2D/3D à haut débit post-tri
    • Imagerie super-résolutive multidimensionnelle (xyzt)

• Analyse d’images
  • Conception de scripts automatisés/personnalisés pour répondre aux questions des chercheurs
  • Réalisation d’analyses à haut débit 2D et 3D et conception des figures en vue de publication/dépôt de brevet
  • Analyse de multiplex avec des approches de machine learning
  • Réalisation de formations théorique et pratiques pour amener à l’autonomie les utilisateurs
  • R&D actuelle :
    • Utilisation de l’intelligence artificielle pour la segmentation et/ou la reconnaissance d’objets

• Histologie
  • Apport de conseils sur la conception de l’étude afin d’optimiser les protocoles expérimentaux avant réalisation
  • Inclusion des échantillons (agarose, paraffine, OCT) pour garantir leur étude et leur conservation
  • Réalisation de coupes histologiques avec microtome, cryotome ou vibratome
  • Mise au point et réalisation d’immunomarquages
  • Mise au point et réalisation de colorations histologiques à haut débit
  • Expertise en lecture histologique de lame
  • R&D actuelle :
    • Multiplexage pour le phénotypage de populations cellulaires immunitaires au sein d’un tissus
    • Etude histologique sur crânes entiers pour étudier les interactions entre les différents composants (muqueuses nasales, nerfs olfactifs, cerveau et tronc cérébral)

Equipement

Les équipements disponibles sur la plateforme IMI sont les suivants :

• Cytométrie
  • Analyseur de cellules LSR Fortessa X20 5 lasers avec passeur de plaques (BD Biosciences)
  • Trieur de cellules à grande vitesse MoFlo Astrios 4 lasers (Beckman Coulter)
  • Poste d’analyse Flow Jo
• Microscopie
  • Microscope champ large lumière blanche et fluorescence 80i (Nikon)
  • Accès à un scanner de lames en lumière blanche et fluorescences AxioScan (Zeiss)
  • Microscope confocal SP8 + DLS (Leica)
  • Microscope confocal AX R + NSPARC avec chambre d’incubation (Nikon)
• Analyse d’images
  • Station d’analyse avec GPU
  • Licence NIS-Element + modules d’analyse par intelligence artificielle
  • Logiciels : Fiji, QuPath, Ilastik, Cellpose, etc
• Histologie
  • Loupe binoculaire C-PS-160 (Nikon)
  • Automate préparateur de tissus TP1020 (Leica)
  • Automate d’inclusion en paraffine TES99 (Medite)
  • Microtome manuel RM2235 (Leica)
  • Microtome automatique AUTOCUT R (Leica)
  • Cryotome automatique CM3050S (Leica)
  • Vibratome automatque VT1200S (Leica)
  • Automate à coloration ST5020 (Leica)
• Autres
  • Chambre à hypoxie Hypoxylab (Oxford Optronix)
  • Chromium Controller (10X Genomics)
  • Imageur IVIS Spectrum (Revvity)

Ces équipements ont la particularité d’être tous en laboratoire confiné de niveau 2, permettant de travailler sur des agents pathogènes de niveau 2 vivants. De plus, la plateforme peut mettre à disposition des collaborateurs des laboratoires ou des bureaux pour les accueillir dans les meilleures conditions pendant toute la durée de leurs expérimentations.

L’ensemble des fiches équipements disponibles est affichable ICI

Personnels

La plateforme est animée par une équipe de 5 personnes :

• Julien Pichon (responsable de la plateforme, expert imagerie et analyse d’images), Ingénieur de recherche INRAE : pichon.1@inrae.fr
• Yves Le Vern (expert en cytométrie), ingénieur d’étude INRAE : levern@inrae.fr
• Christelle Rossignol (experte en histologie), ingénieure d’étude INRAE : rossignol@inrae.fr
• Alix Sausset (experte en cytométrie), assistante ingénieure INRAE : sausset@inrae.fr
• Julie Mariot (experte en préparation d’échantillons), technicienne de recherche INRAE : mariot@inrae.fr

La plateforme est localisée dans les locaux de l’UMR1282 ISP (Infectiologie et Santé Publiquée), à Nouzilly. Cette unité composée d’environ 160 personnes est spécialisée dans l’étude et la prévention des maladies infectieuses, notamment par la compréhension du dialogue hôte-pathogène (parasite, bactérie et virus). Elle est dirigée par Nathalie Winter (nathalie.winter@inrae.fr).

Travaux & Collaborations

Equipes utilisatrices :

• Equipes régionales :
  • EA 7501 GICC – Groupe Innovation et Ciblage Cellulaire (Tours)
  • U1069 N2Cox – Niche, Nutrition Cancer et métabolisme Oxydatif (Tours)
  • UE PEAT – Pôle d’Expérimentation Avicole de Touraire (Nouzilly)
  • UE PFIE – PlateForme d’Infectiologie Expérimentale (Nouzilly)
  • UE UEPAO – Unité Expérimentale de Physiologie Animale de l’Orfrasière (Nouzilly)
  • UMR 0083 BOA – Biologie des Oiseaux et Aviculture (Nouzilly)
  • UMR 0085 PRC – Physiologie de la Reproduction et du Comportement (Nouzilly)
  • UMR 1100 CEPR – Centre d’Etude des Pathologies Respiratoires (Tours)
  • UMR 1259 MAVIVHe – Morphogenèse et Antigénicité du VIH et des Virus des Hépatites (Tours)
  • UMR 1282 ISP – Infectiologie et Santé Publique (Nouzilly)
  • UMR 7261 IRBI – Institut de Recherche sur la Biologie des Insectes (Tours)
  • UR 6293 GéHCO – GéoHydrosystèmes continentaux (Tours)
  • Société LovalTechnology (Tours)
  • Société Igyxos (Tours)
• Equipes nationales :
  • Institut Pasteur (Paris)
  • UMR 0703 PAnTher – Physiopathologie Animale et bioThérapie du muscle et du système nerveux (Nantes)
  • UMR 1235 TENS – The Enteric Nervous System in gut and brain disorders (Nantes)
  • UMR 1319 MICALIS – MICrobiologie de l’ALIment au Service de la Santé (Jouy-en-Josas)
  • Société Eliance (Nouzilly)
  • Société Olmix (Bréhan)
• Equipes internationales :
  • Leibniz Institute for Plasma Science and Technology (Allemagne)
  • Federal Rural University of Rio de Janeiro (Brésil)
  • Société Proxi Biotech APS (Danemark)

Publications

• Les publications de la plateforme peuvent être retrouvées au lien suivant : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=%28%28%28%28pichon+julien%29+AND+nouzilly%5BAffiliation%5D%29+OR+%28lantier+f%29+OR+%28lantier+i%29+OR+%28rossignol+christelle%29+OR+%28Le+Vern+Y%29+OR+%28Levern+Y%29%29+AND+%28%222012%22%5BDate+-+Publication%5D+%3A+%223000%22%5BDate+-+Publication%5D%29%29+OR+%28%28%28berthon+patricia%29+OR+%28%28berthon+p%29+AND+nouzilly%5BAffiliation%5D%29%29+AND+%28%222012%22%5BDate+-+Publication%5D+%3A+%222018%22%5BDate+-+Publication%5D%29%29&sort=date