Plateforme de Génomique
Plateforme de Génomique
Responsable : Dr Charlotte Veyrat-Durebex & Dr Jean michel Drezen
Le Département de Génomique est un plateau technique en Génétique, Génomique et Transcriptomique au service des unités de recherche de l’Université de Tours, des grands organismes de recherche extérieurs à l’Université de Tours, et du secteur privé industriel.
Les technologies et compétences disponibles au sein du Département répondent à des besoins de recherche et de transfert dans le domaine biomédical et en biologie évolutive, écophysiologie. Le Département est en lien avec à plusieurs plateformes, dont l’Unité des Technologies Innovantes des Laboratoires (UTTIL) du CHU de Tours et les autres départements de la PST ASB.
Il vous accueille pour vos projets et vous accompagne sur l’utilisation des différentes technologies.
Ce département est associé à la l’UMS-61 Analyse des Systèmes Biologiques.
Prestations
Prestations internes
Elles permettent aux différentes équipes de recherche locales (Université de Tours, INSERM, CNRS, INRAe, CEA) et régionales (Université d’Orléans, CNRS) de bénéficier de technologies et d’une expertise en génétique, génomique et transcriptomique.
Le développement du département de Génomique s’est justifié par la présence de plusieurs équipes de recherche compétitives en biologie évolutive et dans le domaine biomédical, et par l’importance des activités de transfert à la fois dans le domaine médical (CHRU de Tours) et vers l’industrie (possibilités de développement ou de collaboration avec les entreprises de biotechnologies). La montée en puissance de ce plateau technique ces années passée a contribué à l’obtention de plusieurs contrats de recherche régionaux, nationaux et européens, et à la production de nombreuses publications scientifiques dans des journaux internationaux.
Les prestations concernent la mise à disposition de technologies en génomique et transcriptomique (avec formation préalable), ou la prise en charge d’expériences.
Prestations externes
Le département génomique participe à des projets d’envergure régionale (APR), inter-régionale (FHU, Labex MabIprove par exemple), des projets nationaux (projets ANR par exemple) et internationaux (ANR, Mine par exemple). Il participe aussi à des projets entre équipes académiques et privées.
Actualités
- Formation à l’extraction d’ADN par le Qiasymphony, Mars 2024 -organisée par l’UTTIL (CHU Tours) en lien avec le département.
- Formation à l’utilisation du séquenceur MiSeq Illumina, 2023, organisée par l’UTTIL (CHU Tours) en lien avec le département.
- Séminaire « Analyses single cells et spatial multiomics », 2022 – organisé par le département.
Compétences
- Extraction ADN, ARN
- Qualification et quantification d’acides nucléiques
- Préparation de plaques, robot de pipetage
- Etudes de polymorphismes (SNP, microsatellites ; HRM)
- PCR et RT-PCR en temps réel, 96 et 384 puits
- Séquençage Sanger
- Analyses de tailles de fragments (Genescan)
- CGH et microarrays
- Séquençage de nouvelle génération (NGS) moyen et haut débit
Le Département est en lien avec le site des Facultés des Sciences et de Pharmacie (site Grandmont), et le site de la Faculté de Médecine (Site Tonnellé) où se trouvent les services de biologie médicale du CHU de Tours regroupant la plateforme UTTIL et plusieurs Laboratoires de Biologie médicale de référence (LBMR) traitants de questions de génétique/génomique.
Equipement
Site Tonnellé
- Promega Extracteur ADN, ARN Maxwel
- Qiagen Extracteur ADN, ARN Qiasymphony (UTTIL)
- epMotion 5070 automate de pipetage (Eppendorf)
- Qiagen automate de pipetage (UTTIL)
- 10X Genomics Chromium (lien avec département des cytométries)
- Biorad PCR CFX384 and CFX96 PCR et RT-PCR en temps réel, HRM
- Biorad Digital PCR 10X
- Agilent scanner Microarray scanner (microarrays, CGH)
- Applied Biosystems, séquenceur 3500 XL 16 capillaires (séquençage Sanger, Genescan) (UTTIL)
- NGS Illumina Miseq
- NGS Illumina NextSeq 550 (UTTIL)
Site Grandmont
- Applied Biosystems QuantStudio 6 Flex
- Eppendorf epMotion 5070
- Eppendorf Mastercycler PRO VAPO. PROTEC
- Amersham Bioscience STORM 840
- Qiagen QIAxcel Advanced
- Eppendorf Thermomixer C
Travaux et collaborations
(données 2015)
Equipes Utilisatrices
Equipes de l’Université de Tours et des grands organismes de recherche
Equipes de l’Axe Sciences de la Vie et de la Santé
- INSERM EA 6295 – Nanomédicaments et nanosondes (NMNS)
- INSERM U1069 – Niche, Nutrition, Cancer & métabolisme Oxydatif (N2Cox)
- INSERM U1100 – Centre d’Etudes des Pathologies Respiratoires (CEPR)
- INSERM U 1253 – Imagerie et Cerveau (iBrain)
- INSERM U 1259 – Morphogenèse et Antigénicité du VIH et des Virus des Hépatites (MAVIVH)
- INSERM UMR 1327 – ISCHEMIA Membrane Signalling and Inflammation in reperfusion injuries
- Groupe Innovation et Ciblage Cellulaire (GICC)
- UMR CNRS 7261 – Institut de Recherche sur la Biologie de l’Insecte (IRBI)
- UMR CNRS 7247/INRAe 0085 – Physiologie de la Reproduction et des Comportements (PRC)
- UMR INRAe 1282 – Infectiologie et Santé Publique (ISP)
- UMR CNRS 7295 – Centre de Recherches sur la Cognition et l’Apprentissage (CeRCA)
- EA2106 – Biomolécules et Biotechnologies Végétales (BBV)
Liens utiles
Le département participe aux activités de plusieurs structures, dont la SFR FED 4225 (Infectologie), SFR FED 4226 (Neuroimagerie fonctionnelle), Plateforme de Biologie Moléculaire des Cancers du CHRU de Tours, FHU GenOMedS, FHU Exac.t, FHU GOAL, Labex MabImprove.